مفهوم پروتئوم برای اولین بار توسط مارک ویلکینز پیشنهاد شد. به تمام پروتئین هایی اطلاق می شود که توسط یک ژنوم (ژنوم)، یا یک سلول یا بافت بیان می شوند. مفهوم پروتئوم تفاوت های زیادی با مفهوم ژنوم دارد. سازمان و حتی وضعیت محیط زیست تغییر می کند. در طول رونویسی، یک ژن می تواند به شکل های متعدد mRNA پیچ خورده باشد. یک پروتوم محصول مستقیم یک ژنوم نیست. تعداد پروتئین های موجود در پروتئوم گاهی اوقات می تواند از تعداد ژنوم ها تجاوز کند. پروتئومیک در حالت اولیه «توسعه» قرار دارد. کارشناسان این رشته انکار می کنند که یک روش شناسی محض است. درست مانند ژنومیک، یک سیستم دانش بسته، مفهومی و پایدار نیست، بلکه یک میدان است.
