کسانی که با مواد غذایی اصلاح شده ژنتیکی مخالفت می کنند شامل طیف گسترده ای از گروه های بهره، از صلح سبز گرفته تا انجمن های کشاورزان گرفته تا کلیساهای مسیحی و مانند آن هستند. مخالفت آن ها در سه حوزه متمرکز است:
اولاً اصلاح ژنتیکی در برابر طبیعت و در نتیجه مضر است. هواداران تلافی می کنند که محصولات امروزی دیگر انواع بدوی نیست وگرنه سبزیجاتی که مردم می خورند باید همان چمنی باشد که حیوانات می خورند.
دوم اینکه پس از اینکه ژن هایی با مقاومت به گیاه کش یا عملکردهای سمی آفت کش به گیاهان معرفی می شوند، آیا غذایی که برای انسان امن فراهم می کنند؟ هواداران در پاسخ به این نکته تاکید کردند که تا به حال هیچ نهاد تحقیقاتی واجد شرایطی شواهدی پیدا نکردند که نشان دهد غذاهای اصلاح شده ژنتیکی به سلامت انسان آسیب می رساند، اما تاثیر درازمدت آن ها تنها می تواند استنباط شود و به دست آوردن شواهد جامع برای متقاعد کردن مردم دشوار است.
سوم اینکه آیا این امکان وجود دارد که ترویج گیاهان اصلاح شده ژنتیکی بیش از حد با عجله بر کشاورزی و محیط زیست اکولوژیک تأثیر بگذارد؟ ترویج محصولات اصلاح شده ژنتیکی که در برابر گیاهان مقاوم هستند ممکن است کشاورزان را به استفاده بیش از حد از گیاهان تشویق کند و باعث آسیب یا حتی منقرض شدن برخی محصولات غیر اصلی شود. بسیاری از کشاورزان کشورهای در حال توسعه از چنین محصولات غیر اصلی به عنوان غذای تکمیلی یا به عنوان خوراک استفاده کرده اند. اداره شیلات و حیات وحش آمریکا کشف کرده است که ۷۴ گونه گیاهی تحت تأثیر گیاهان گیاهی قرار دارند و در معرض خطر قرار دارند.