تا سال ۲۰۱۳ طبقه بندی روشنی از غذاهای اصلاح شده ژنتیکی وجود ندارد و طبقه بندی های مختلفی را می توان بر اساس استانداردهای مختلف بر اساس عمل انجام داد.
با توجه به اینکه آیا مواد غذایی اصلاح شده ژنتیکی حاوی منبع اصلاح ژنتیکی به عنوان استاندارد است، می توان آن را به سه نوع مختلف زیر تقسیم کرد:
(۱) غذاهای اصلاح شده ژنتیکی که حاوی غذاهای اصلاح شده ژنتیکی نیستند، به غذاهایی اطلاق می شود که از ارگانیسم های اصلاح شده ژنتیکی مشتق می شوند، اما خود محصولات حاوی هیچ ژن منتقل شده ای نیستند.
(2) غذاهای اصلاح شده ژنتیکی حاوی مواد اصلاح شده ژنتیکی هستند، اما ویژگی های آنها در طول پردازش تغییر کرده است، و ژن های فعال منتقل شده دیگر در غذاهای اصلاح شده ژنتیکی وجود ندارد.
(3) غذاهای اصلاح ژنتیکی حاوی اجزای ژنتیکی فعال است. پس از اینکه افراد چنین موجودات یا غذایی اصلاح شده ژنتیکی را می خورند، ژن های منتقل شده و ژن های ذاتی موجودات بر بدن انسان تأثیر خواهند گذارد.