سیستم خود تصفیه به سیستمی اطلاق می شود که دارای درجه خاصی از خودپالایی و ظرفیت جذب آلاینده های محیطی باشد. این یک مجموعه آگرواکولوژیکی است که در آن آلاینده‌های محیطی با فرض عدم تجاوز از ظرفیت محیطی از طریق اثرات فیزیکی، شیمیایی و بیولوژیکی خاک کشاورزی، گیاهان و میکروارگانیسم‌ها، خودپالایی می‌شوند.
