میکروسکوپ فلورسانس و میکروسکوپ معمولی تفاوت های زیر را دارند
1. روش روشنایی است که معمولا اپی روشنایی, است که, منبع نور بر روی نمونه از طریق لنز هدف پیش بینی;
2. منبع نور نور فرابنفش است, طول موج کوتاه تر, و وضوح بالاتر از میکروسکوپ های معمولی;
3. دو فیلتر خاص وجود دارد. یکی در مقابل منبع نور برای فیلتر کردن نور مرئی استفاده می شود، و یکی بین چشم و لنز عینی برای فیلتر کردن اشعه ماورای بنفش برای محافظت از چشم انسان استفاده می شود.