دو جنبه اصلی وجود دارد، یکی پروتئومیک ساختاری، و دیگری پروتئومیک عملکردی است. مرزهای تحقیقاتی آن تقریباً به سه حوزه تقسیم می شوند:
(1) ایجاد پروتئوم یا زیرپروتئوم و گروه پیوند پروتئوم آن برای موجودات یا سلول های بافتی مربوط به ژنوم یا پایگاه داده رونویسی، است که، پروتئومیک تشکیل دهنده است.
(2) انجام پروتئومیک محلی و یا پروتئومیکسی تطبیقی از سیستم های مهم فیزیولوژیکی و پاتولوژیک و یا فرایندهای برای فرایندهای مهم زندگی و یا بیماری های عمده انسانی.
(3) برای مطالعه تعامل بین پروتئین ها از طریق انواع فن آوری های پیشرفته و نقشه پروتئین های یک سیستم خاص، است که، پروتئومیمیک تعاملی، همچنین به عنوان "اطلس سلول" پروتئومیک شناخته می شود.
علاوه بر این، با تعمیق تحقیقات پروتئومیچ، برخی جهت های تحقیقاتی جدید ظهور کرده اند، مانند پروتئومیک های زیر سلولی و پروتئومیک کمی. پروتئومیک یک روش تحقیقاتی مهم زیست شناسی سیستم ها است.