اگرچه الکتروفورز ژل دو بعدی (2-DE) یک روش معمول برای تجزیه و تحلیل کل پروتئوم است ، اما دارای محدودیت هایی از جمله توانایی جداسازی محدود ، اثر تبعیض آمیز و روش های عملیاتی پیچیده است. برای دستیابی به نتایج رضایت بخش برای تجزیه و تحلیل دامنه دینامیکی زیاد ، فراوانی کم و پروتئین های آبگریز ، اغلب دشوار است. چونگ و همکاران از طیف سنجی جرمی / HPLC برای مقایسه و تجزیه و تحلیل بیان افتراقی پروتئین های پیش از بدخیم و سرطانی استفاده کرد. پروتئین توسط HPLC جدا شد ، و بخشهای جمع آوری شده توسط MALDI-TOF-MS شناسایی شد ، بنابراین پروتئین در بیان افتراقی دو نوع سلول از نظر کمی تجزیه و تحلیل شد. به عنوان نوع جدیدی از فناوری جداسازی ، کروماتوگرافی مایع چند بعدی محدودیت جرم مولکولی نسبی و نقطه ایزوالکتریک را ندارد. از طریق ترکیب حالت های مختلف ، اثر تبعیض آمیز الکتروفورز ژل دو بعدی را از بین می برد. این ویژگی دارای ظرفیت اوج بالا و اتوماسیون آسان است. کروماتوگرافی فاز معکوس تبادل یونی دو بعدی (2D-IEC-RPLC) متداول ترین سیستم جداسازی کروماتوگرافی مایع چند بعدی در تحقیقات پروتئومیکس است.
