ژن های با توابع خاص "شناور" به گونه های گیاهی وحشی مشابه، آنها را در برابر گیاهان مقاوم و دشوار برای کنترل؛ یا ایجاد آفت برای تولید آنتی بادی در برابر حشره کش ها. علاوه بر این، برخی از موجودات کوچک ممکن است پس از خوردن گیاهان اصلاح شده ژنتیکی با عملکرد حشره کش منقرض شوند. هواداران خاطر نشان کردند که تولید کشاورزی خود فعالیتی است که به محیط زیست آسیب می رساند و محصولات اصلاح شده ژنتیکی آسیب بیشتری نسبت به کشاورزی سنتی به محیط زیست وارد نخواهد کرد. گیاهان توانایی مقاومت در برابر حشرات را دارند و کشاورزان می توانند پاشش حشره کش ها را کاهش دهند که برای محیط زیست و حفاظت زیستی مفید است.
چنین اختلافاتی در مدت کوتاهی نتیجه گیری آسان نیست. باید گفت جنجال در مورد محصولات اصلاح شده ژنتیکی یک پدیده طبیعی است. اول از همه، خود انواع تازه توسعه یافته کامل نیستند و اثرات میان تا درازمدت آن ها بر بدن انسان و محیط زیست همچنان دیده می شود. مردم نگرانی های خود را به دلایل مشروع بیان می کنند. دوم اینکه همیشه برخی افراد محافظه کار وجود خواهند داشت که به محصولات فناوری جدید عادت نمی کنند و از پذیرش آن ها خودداری می کنند. سپس تاثیر تضادهای تجاری منافع وجود دارد. دولت ها و گروه های بهره برخی کشورها از بی کفایتی غذاهای اصلاح شده ژنتیکی برای مبارزه با جنگ های تجاری استفاده می کنند و اوضاع را پیچیده تر می کنند.